No existe una lista completa de comandos de Linux, porque sería interminable. Además, la lista sería distinta de un sistema a otro, ya que depende de lo que tengas instalado, de la distro que ocupes, etc.
Si quieres un manual para los comandos básicos, date una vuelta por
http://www.escomposlinux.org/Faq/ , especialmente el capítulo sobre administración.