Bueno .. primero habría que ver por donde y como vas haces esas consultas ..
Si lo haces todas seguidas con un script PHP, .. lo más probable es que si no ajustas el "set_time_limit()" del script que las ejecute .. se "caiga" antes PHP por tiempo de ejecución exedido que "Mysql".
Si las consultas son realizadas por X clienetes simultáneamente .. ese dato de "cuantas" conexiones puedes soporatar depende de la configuración de Mysql y del tipo de conexiónes que uses en tu programación: persistentes (mysql
p_connect() ) o no persistentes (mysql_connect()) .. En tal caso .. esos detalles y sobre la arquitectura en sí de Mysql lo puedes ver en las especificaciones técnicas de Mysql en su página web oficial:
www.mysql.com
Un saludo,