Si que se puede.
Cierra el emule antiguo e instala el nuevo emule. Luego cortas las carpetas Incoming y Temp y las pegas en la carpeta del nuevo emule, y al arrancar el nuevo ya deberían salirte sin más problemas.
Además puedes copiar el server.met del antiguo emule al nuevo para mantener los servidores, y si tienes el addresses.dat y el ipfilter.dat pues también.
¿Supongo que serán cosas de libre distribución lo que estás bajando no?
Chao