Desde PHP 4.3.0 tienes la función:
gd_info() que te entrega un array con toda la información sobre las librerias GD que uses (entre ellos la versión).
www.php.net/gd_info
En la misma documentación de esa función tienes un ejemplo de una función equivalente para versiones inferiores de PHP donde evalua el phpinfo() directamente.
Un saludo,