Sería bueno saber qué versión usas, la más recomendable es usar una a partir de la 1.5.1, preferiblemente la 1.5.10.1 (la última).
Por cierto, ¿al abrir el AVI, te da un error de audio VBR? Si es así, debes darle a NO, ya que si no se producirá el desfase.
Otra cosa no se me ocurre, si te sirve en
este manual ser explica cómo dividir un AVI con el último VirtualDubMod.
Saludos