Si no entendí mal... lo que buscas es separar la programación (php, consultas, procesos) de la presentación (HTML)... Pues la respuesta ya ta la dio Cluster. Debes utilizar Templates (o Plantillas)... Existen motores de Templates que lo que hacen es tener la programación por un lado y las plantillas HTML por otro... de esa manera, cuando quieras cambiar la apariencia de tu página, sólo editas puro HTML...
Te recomiendo leer este artículo:
http://www.zonaphp.com/articulo9.php
Y la página de nok Templates:
http://www.jpw.com.ar/?lugar=noktpl
Al comienzo (sobretodo si eres principiante en lo del php) se te puede hacer un poco pesado, pero verás que rápidamente se entiende el funcionamiento...
Saludos
