Hola,
¿Estan bien puestas los atributos class en las etiquetas HTML? Porque me extraña que por ser un .php no carge los CSS (tengo paginas php que usan css).
Puedes probar a copiar el codigo HTML generado por tu script PHP (con "Ver codigo fuente") y guardarlo como .htm y mirar si se ven los estilos. Si no se ven es que el HTML generado esta mal (no interviene PHP para nada). Y si se ven los estilos, pues no se, ya inventaremos otra prueba para exculpar a PHP
Saludos.