Hola,
Pues claro que se puede ...... si PHP tiene los permisos para realizar esas acciones.
Ademas, no es "a la vez". Puedes usar las funciones de directorio (
www.php.net/dir) para recorrer todos los directorios y hacer un unlink() (
www.php.net/unlink) de cada fichero. Y luego copiar el fichero con copy() (
www.php.net/copy).
Suerte.