Si se puede ...
Tienes funciones como copy() para eso mismo . .copiar un archivo en la ruta especificada.
unlink() para borrar archivos en la ruta que des .. y otras funciones como dir() y afines para leer un directorio(s) para saber donde hacer ese copy() y borrar archivos.
Ejemplos tienes en:
www.php.net
En cada una de esas funciones (lee los comentarios de los usuarios que suelen dar códigos de ejemplos en esas funciones).
Un saludo,