Hola.. lo que hago para pedir confirmacion y despues ejecutar mi boton para que haga cierta accion es la siguiente:
miControl .Attributes.Add("onClick", "javascript
: return confirm(Estas seguro ?');")
Obviamente lo que estoy haciendo es agregar el atributo onClick a mi control.. ya sea un boton, un linkbutton.. etc.
Espero que te haya dado una mejor idea.
Saludos
