Con PHP también puedes hacer un "lanzador" de archivos .. el cual lea el archivo (PHP) desde el sistema de archivos del servidor y lo entregue para descarga. El único requisito de seguridad es que tus archivos queden fuera del "document root" de tu sitio para que no sean accesibles vía
http://www.tal.ta/archivo.tal .. del resto se encargaría PHP.
Un saludo,