Si, eso mismo es lo que he observado en un par de pruebas.
Puede que sea un problema con los "\n" finales.
Voy ha hacer mas pruebas. Pero quizas haya que eliminarlo de los arrays (file() los mantiene). Quizas usando array_map() (
www.php.net/array_map) en conjuncion con trim() (
www.php.net/trim). Y al final hacer el implode de $nuevos uniendolos con "\n"..
Suerte.