Bueno, lo primero comentarte que casi seguro que tu webmail haga uso de funciones IMAP, si te fijas en tu primer server con la version 4.1.0 de PHP tienes soporte para IMAP, y en la nueva version 4.3.4 on lo tienes, tal vez sea por eso el que no te funcione, compila la nueva version de PHP como la anterior, me refiero a las mismas opciones de compilacion, pero con sus respectivas paths correctas
