El modo correcto de eliminar un virus del ordenador es arrancar en modo a prueba de fallos y realizar un escaneo completo de todos los discos duros. Asi no se cargan los posibles troyanos/virus al inicio y el antivirus puede eliminarlos o desinfectar adecuadamente.
Eliminar el archivo infectado puede dejar el sistema inarrancable por lo que conviene tener a mano el cd de instalacion del SO para poder repararlo, aunque si dices que es un troyano es bastante improbable que esto ocurra.
Ademas decir que en mi opinion el Panda es un antivirus bastante malo en cuanto a su velocidad de escaneo, su base de datos de troyanos no es ni regular y tardan en actualizarse. Te recomiendo que pruebes AVP o NOD32.
Suerte.....
