Pues para empezar tienes que tener tu aplicación dividida en módulos, por ejemplo, si sigues el patrón Modelo Vista Controlador (en POO) o el FuseBox para programación imperativa. Si te fijas en el post de Webstudio (
http://www.forosdelweb.com/s/msg180953.html) , para crear o empaquetar aplicaciones con agrupar clases Vistas y Acciones ya tiene una aplicación (o casi). Me refiero a una agrupación lógica (y posiblemente "física" en directorios diferentes): las acciones y vistas de un foro van por separado que las acciones y vistas del sistema de gestión de usuarios.
Tienes bien estructurada tu aplicación? Quizá te interese mantener en archivos XML (x ejemplo) la configuración de todos los módulos y los parámetros que puedan necesitar?
dale caña, nos leemos.