Algún paso de la configuración de PHP sobre tu Apache te has dejado ..
Repasa la configuración de Apache+PHP de esta guía de instalación de todo eso:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpmysqlap/
Fijate bien .. por qué la guía de instalción es para Apache 1.x ó 2.x en un mismo manual ..
Como recomendación .. si usas Windows98 .. podrías usar Apache 1.3.x en luagar de la versión 2.0.x (parece que es más estable para ese sistema operativo la 1.3.x que la 2.0.x). Yo la uso sin problemas en W98 (la 1.3.x).
Un saludo,