esa version del installshield, no te permite ver el script?
si es asi podes decirle que mande x archivos a determinadas carpetas.
sino te recomiendo que cambies por otro basado en scrips (que te dan mas libertad de accion) o alguno otro como el Setup Factory de Indigo Rose.
por mi parte te recomiendo el NSIS (
http://nsis.sourceforge.com/home)
saludos.