Hola,
Yo mas bien diria que solo se queda con la ultima ejecucion de esta linea:
Código PHP:
$array_zonas = array (
$row['id_zona'] => array ("altas"=>$row['altas'],"bajas"=>$row['bajas'])
);
Estas pisando el valor de $array_zonas, cada vez con un array de un solo elemento.
Si lo que quieres es que $array_zonas sea $array_zona[$id_zona]['altas'], tendrias que poner:
Código PHP:
$array_zonas[$row['id_zona']] = array ("altas"=>$row['altas'],"bajas"=>$row['bajas']);
Suerte.