Contesté hace un tiempo a algo así, con un ejemplo gráfico incluso, solo que esos directorios que quieres borrar, perfectamente pueden estar protegidos por el sistema (aunque estén en otra partición), es muy probable que en el primer intento te prohiba borrar, y entonces te tocará entrar en modo super usuario.....
bien, mira el link, y si aun así sigues con problemas te comentaré otro modo NADA ORTODOXO de hacerlo....
http://www.forosdelweb.com/showthrea...hreadid=167630
saludos