Eso es un problema de Internet Explorer que interpreta mal el modelo de caja de CSS.
Según el modelo de caja el alto y el ancho de un elemento es el resultado de la suma de su height y width más sus padding correspondientes y sus bordes correspondientes, cosa que Explorer interpreta erróneamente (considera height y width com el alto y ancho total del elemento) (sólo IExplorer 6 trabajando en modo standart lo hace correctamente)
Te pongo 2 enlaces con un hack para evitar estos problemas
http://www.glish.com/css/hacks.asp http://www.tantek.com/CSS/Examples/boxmodelhack.html
Para evitar tener que usar hacks se puede tratar de no usar padding y en vez de eso usar la propiedad margin en los elementos que están contenidos.