Christian, esa pregunta la hicieron hace algún tiempo y no se llego a nada concreto. Lo que contesté en esa ocasión (y si recuerdo bien), es hacer un script con todas las tablas sin tomar en cuenta la que no te interesa.
Sería esta opción:
mysqldump [OPTIONS] database [tables]
Si son muchas tablas, va a ser tedioso por lo que podrías ayudarte creando un script utilizando el comando
SHOW. Por ejemplo, podrías usar la siguiente sentencia en phpMyAdmin o algún programa gráfico:
SHOW TABLE STATUS [FROM db_name] [LIKE wild]. Luego copias el resultado a un archivo .sql y en la primera línea de todas las tablas mostradas, utilizas el comando de arriba quitando la tabla que no te interesa.
Es muy manual al principio pero como te va a quedar en un script, solo vas a tener que ejecutarlo nuevamente.