Las 2 cosas tienen su lugar y su uso, y mientras una cosa no pueda hacer lo que la otra, seguirán existiendo.
HTML aun es más facil de integrar con tecnologías de back-end, ofrece muchas ventajas en terminos de usaibilidad, de ser indexado por buscadores, sencillez de actualizar, y por supuesto el importante hecho de que es un estandar, al contrario del flash, que es exclusivo de macromedia.
Cita: la propia pagina oficial de FLASH esta hecha en HTML
pequeño detalle, pero es un hibrido...