Hola,
 
Sin ver el codigo exacto que usas, apostaria que estas poniendo HTML en el mismo script que genera la imagen. O que no le estas indicando a tu navegador que le vas a enviar una imagen, con la cabecera HTTP Content-type (enviandola con header() 
www.php.net/header). En el manual de la extension GD (
www.php.net/gd) tienes ejemplos de como usar esa cabecera. 
Saludos. 
PD: Doy por supuesto que estas metiendo esta imagen en tu HTML al igual que las imagenes normales, con: 
<img src="imagen.php">