De momento el protocolo utilizado para la www sigue siendo el http, que yo sepa aún no existe el swftp
Por otro lado, intenta cargar un swf que no esté embebido en un html desde netscape o mozilla y me dices qué es lo que ves.
Además, me pregunto cómo abrirías ventanas popup sin un html o cienmil funciones que flash debe pedir a un documento html.
No hay que confundir los conceptos....