A ver... vamos a ver si te he comprendido...
Código PHP:
$punto1="guadalajara";
$punto2="monterrey";
$query ="select 'Total' as total, sum(Kilometros) from distancias ";
$query.="where (Origen='".$punto1."' and Destino='".$punto2."') ";
$query.="or (Origen='".$punto2."' and Destino='".$punto1."') ";
$query.="group by total";
mysql_query($query);
A ver si eso te da una idea...