a ver, prueba asi:
$agreg=$agregado[$i];
$cuerpo .= "<font size='4'><a href='http://mi.pagina.cl/archivo_noticias.php?codigo_not=$agreg' target='_blank'>"
.$noti_titulo."</a><br><font size='2'>"
.$noti_epigrafe."</font><br><br>";
/*luego hago un echo a cuerpo y muestra bien los links incluso
abre bien pero cuando reviso en el mail las direcciones quedan
diferentes por ejemplo asi*/