Pues efectivamente, con imagecreatetruecolor se crea una base para manejar imagenes con color verdadero (mejor calidad de imagen).
Yo tengo varias aplicaciones que usan esa funcion, y la verdad es que la calidad de las imagenes es excelente.
Tal vez no la estas usando de forma correcta. Por que no posteas el codigo con el que generas tu thumbnail?
