La BD MySQL es propia de la misma, o sea, si la borras te podría dejar de funcionar ya que se puede decir es parte del motor de MySQL.
Es esa BD podes dejarla solo para tareas administrativas y nada más. En otra BD podes llevar tu propia lista de usarios con claves encriptadas y controles. Por cada usuario podes asignarles ciertos roles (tareas específicas por usuario como SELECT, INSERT, DELETE, etc) utilizando el comando GRANT.
También podes usar la misma BD de MySQL pero con mucho cuidado y leyendo el manual de como crear roles.
Para que tomes un ejemplo de seguridad en PHP, podes revisar algún código como el de
phpBB.
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Busca códigos en lo que vayas a desarrollar, estudialos y modificalo a tus necesidades.