Pues entonces te falta el proceso de "Upload" del archivo hacia el servidor desde el cliente (el navegador) .. No puedes leer directamente el archivo que está en ese PC "Cliente" .. debes subirlo al servidor por HTTP mínimo (o por FTP como ya lo haces). Para que tus rutinas actuales (el código que pusistes) pueda leer dicho archivo del servidor, procesarlo y si ya no lo necesitas lo eliminas del servidor al terminar el proceso.
Sobre "Upload" hay ejemplos en las FAQ's de este foro y en el manual oficial de PHP:
http://www.php.net/manual/en/features.file-upload.php
Si te fijas .. veras que tienes a tu disposición el nombre del archivo y ruta que le des de destino al subirlo (queda temporalmente en un directorio definido por la directiva: upload_tmp_dir de tu php.ini (phpinfo() lo puedes ver también).) así que puedes tomar ese archivo desde ahí mismo (todo depende del nivel de permisos que tenga de lectura ese directorio de tu servidor) para procesarlo.
Pero, el "upload" del archivo ha de ser "manual" .. es decir, es el usuario (PC Cliente) quien indica que archivo (de su PC) es el que va a subir al servidor .. Este proceso no puede hacerse automático desde PHP.
Un saludo,