Hola Kikujiro, pues si hay una metodologia para diseño de web sites, es OOHDM (Metodologia para el diseño de hipertexto orientado a objetos)...busca esa metodologia yo la use es muy buena , en realidad es un proceso que te ayuda para el Analisis y diseño en tu proyecto, si deseas escribeme ,,tengo algo de eso :
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Saludos...