Qué tal,
no se puede hacer nada al respecto. Se ha tocado infinidad de veces el tema de las capas y los campos de formulario (especialmente los select) y los swf y la conclusión ha sido siempre la misma: no se puede evitar.
Sólo en navegadores de última generación (versiones 6 en adelante) puedes hacer algo dándole un z-index elevado a las capas.
Si tienes ánimos de revolver por el js que crea dreamweaver, adelante, pero es complicado el meterle mano a un código pre-fabricado de este tipo
