Hola bryanalec:
Creo que podrías poner un botón que no sea submit (type="button") y que abra un popup que pida confirmación y que al cancelar solo se cierre, pero al aceptar haga el submit y después se cierre...
<input type="button" onclick="opener.document.forms.elForm.submit(); close();" value="confirmar" />
Saludos
