Existe una herramienta llamada XYNTSERVICE que tiene un fichero de configuracion (.ini) donde se le pone la ruta donde se encuentra el ejecutable que quieres que actue como servicio al arrancar la maquina. La direccion de la pagina donde te puedes bajar el programa que hace esto es:
http://www.codeproject.com/system/xyntservice.asp
Espero que te sirva. Un saludo.