Uno a varios pero en un sólo registro

[Ysdragil]

Podrias usar la primera opcion, por lo regular yo asi le he hecho.
También podrias usar filtros, es decir hacer dos consultas, una que traiga todos los usuarios y otra con todos los urls, despues recorrer uno por uno los usuarios y aplicar un filtro a la consulta de urls, sin embargo, como mencionas que son muchos los registros, el desempeño de tu página no va a ser el mejor.
Otra opcion es que consultes a los usuarios los vayas recorriendo y por cada usuario hagas una consulta a la tabla con los urls, y a su vez recorras esa consulta. Esta opcion suena similar a la anterior pero en cuanto a desempeño es mucho mas rápida.
Alguna vez lo probe con miles de registros y el tiempo de procesamiento de la primera es mucho, pero mucho mayor que la segunda.

Saludos