Hola MoisesHernandez, el problema no es del Nico Ftp3, es del Ftp de miarroba que pocas veces funciona bien por no decir ninguna.
Te aconsejo que si tienes alguna página alojada en ese espacio lo hagas a través de su webftp y así puedes subirla directamente y sin problemas, es algo más lento pero efectivo
Saludosss