Bueno pues esos subtitulos tienes que pasarlos a SSA, y colocarles un margen inferior válido (10-20 píxeles) para que se vean, todo eso lo haces con el subtitle workshop
www.mundodivx.com/subtitulos/workshop.php
Y aquí te dejo cómo pegar los subtitulos usando el virtualdubmod
www.mundodivx.com/subtitulos/pegar.php