En general lo que te hace falta son consultas SQL condicionales .. para eso en Msyql por ejemplo tienes la sentencia WHERE y lo usas en tus SELECT comunes tipo:
Código PHP:
// conecta a tu BD .. etc ...
$sql="SELECT * FROM tabla WHERE id='".$_GET['id']."'";
mysql_query($sql);
//etc....
Si tienes consultas que hacer entre X base de datos diferentes .. vas a tener que hacer la consulta X sobre Mysql o SyBase y de ahí usar el registro/campo que necesites como vínculo para la otra consulta (tal vez condicional?) de la otra BD .. Todo depende de la relación que mantengan estos datos de una y otra BD.
Un saludo,