El programita original, o por lo menos el que mas me suena a mi es HTML Tidy, hay muchas implementaciones y adaptaciones del mismo con diferentes interfaces y lenguajes.
Limpia codigo, saca los estilos, pasa a xhtml,....
Funciona muy bien, te lo recomiendo.
La pagina original del proyecto es tidy.sourceforge.net
pero te puedes bajar el HTML KIT para Windows que lo trae integrado, junto con mas cosillas.
http://www.chami.com/html-kit/
Suerte!!!