Los CheckBox que son seleccionados en el formulario HTML pasan con el valor que se defina (value = "tal") y lo que no se seleccionaron no pasan (no viajan al script.php que los procese) .. así que para ese caso particular puedes usar:
Código PHP:
if (isset($_POST['nombre_Checkbox'])){
include ("tal cosa");
}
es decir ..tan sólo se mira si está definida o no la variable .. no su valor (que si quieres puedes usarlo ..)
Un saludo,