1) Si, puedes crear un FDF (Form Data Format) sin tener el FDF toolkit ..
El archivo .FDF que contiene los datos del formulario para incrustarlo sobre el PDF plantilla es un archivo de texto plano con determinado formato .. así que con "PHP" puedes generarlo de forma dinámica. (conociendo el formato FDF).
Tienes un ejemplo de implementación en:
http://php.planetmirror.com/manual/es/ref.fdf.php
(en los comentarios de los usuarios hay várias propuestas).
El problema es que el PDF que generas lo ves sobre tu Reader (de PDF) con los campos de tu plantilla rellenados con tus datos externos .. Si lo imprimes ahí mismo OK, .. pero si lo mandas por e-mail por ejemplo debes enviar los dos archivos: El .pdf plantilla y el .fdf generado .. El .pdf al ejecutarse puede llamar al .fdf asignado (lo defines a la hora de diseñar tu documento en Adobe Acrobat Writer)
2) .. Vale la pena generar el PDF completo con alguna classe para tal fin como las R&OS, FPDF .. o las extensiones de PHP: PDF lib .. (en las FAQ's tienes ejemplos). El problema es que no puedes usar un "PDF" ya creado como "plantilla" sino que tienes que generar dinámicamente y completamente el archivo PDF a usar. (y si es un documento complejo de diseño te puede "costar" diseñarlo .. pero eso se hace sólo una vez ...)
Un saludo,