Si usas Adobe Acrobat Writer (Writer le llaman en la versión 5 .. en la 6 simplemente es la versión "full" completa no sólo el "reader") tienes un menú para insertar objetos de formulario como si de un "HTML" se tratase (con su nombre de variable). Esas funciones son las que crearian al insertar esos campos el .fdf archivo (si deseas generar ese .fdf desde Acrobat directamente) .. pero como es el caso .. ese .fdf lo vas a crear "dinámicamente" con PHP (pero la plantilla PDF debe tener esa información de esos campos (donde van, propiedades y sobre todo nombre de la variable que representará).
Puedes ver algo de información al respecto en:
http://www.adobe.com/support/techdocs/27f9a.htm
Si no lo especificas .. al enviar por e-mail esos dos archivos (tu plantilla .pdf y el .fdf ..) lo que deben ejecutar sería el archivo .fdf para que este llame al .pdf y se muestre el resultado (la plantilla+los datos que contiene el .fdf sobre las variables usadas) en el Lector de PDF (Adobe Acrobat Reader o equivalente). Pero, .. también a la hora de crear la plantilla PDF (plantilla PDF = documento PDF + campos FDF en el texto ..) puedes especifica que el .pdf llame al .fdf asociado (no recuerdo en que ménú se hace pero por ahí anda .. por lo menos en la versión 6 "full" de Adobe Acrobat ...)
El documento PDF (los dos archivos: .pdf y el .fdf) los recibirá el cliente de e-mail com un par de archivos adjuntos y este tendrá que guardarselos y abrirlos (en la misma ruta ambos archivos). Para verlo ..
Fijate que lo que recibas .. la plantilla puede ser modificada por Adobe Acrobat Reader (pero no guardada .. solo imprimirla).
Sobre la parte PHP para crear dinámicamente ese .fdf tienes un ejemplo en:
http://www.koivi.com/fill-pdf-form-fields/
Un saludo,