Bueno .. en principio se ve un pco de lio con la definición/uso de variables de sesión .. Estás mezclando los arrays superglobales $_SESSION con funciones como session_register() que no deben mezclarse .. o usas un método o el otro pero no ambos. El más seguro es usar sessiones por sus arrays superglobales.
también haces un redireccionamiento con header() OK .. pero no terminas el script (su ejecución) con exit; ya que el fin de ese condicional es determinar si el usuario está autentificado como para redireccionarlo a otra página si no lo está.
Código PHP:
<?php
session_start();
if (!isset($_SESSION['autenticado'])) {
header('Location:index.php');
exit;
}
// no sé si usaras $autenticado en el resto del código .. si no lo usas elimina esta línea
$autenticado=$_SESSION['autenticado'];
?>
Para el resto .. cuando terminas un proceso actualmente haces "exit;" pero lo que tendrías que hacer es redireccionar otra vez con:
header("Location: pagina.tal");
exit;
hacia donde tenga que ir .. en tu caso parece que el mismo script el que incluye X acciones a realizar . .unas de proceso puro en PHP y otras de mezcla de HTML(salida) + procesos PHP ...
Si haces esto .. los cierres de la BD y liberar memoria (mysql_free_result() .. etc) tines que hacerlos antes de tu exit .. sino no llega hasta allá el código como para ejecutarse según el flujo del programa que ahí "rompes"...
Un saludo,