Posiblemente el tag con el que cargas el applet no haga referencia al fichero. Debes poner la ruta para que localice el fichero.
Ahora mismo no me acuerdo de que propiedad tenia el tag applet pero seria algo asi
<Applet src="../carpeta/fichero.class"></applet>
Si pones la linea que incluye el componente y nos dices la distribución en carpetas que tienes nos será mas facil ayudarte.