he usado creo que 1 o 2 veces phpmyadmin y no es muy intutitivo aunque si muy utill debido a su interfaz web, es decir, puedes administrar tu base de datos desde cualquier lugar, si tienes acceso a instalar sqlyog (
www.webyog.com) o mysqlfront (
www.mysqlfront.de) te los recomiendos pues son muy intuitivos.
Otras cosas a considerar son: si vas a usar integridad referencial tienes que definir tus tablas como tipo innodb, crear indices para tus claves foraneas y luego realizar las referencias.