Saludos pirrilon
Lastima que hayas removido linux

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La razon por la que aun te sale LILO, es porque se instala en el sector booteable del disco duro, haciendo que al desinstalar Linux LILO aun se quede activo. Bueno, para remover el lilo necesitas borrar el sector de arranque del disco duro, booteas en MS-DOS con un floppy booteable, y pones lo siguiente:
FDISK /MBR
Con eso, eliminaras el LILO para siempre del sector booteable.
Respecto a fusionar las particiones, tengo entendido que deves de hacerlo antes de instalar windows, es decir, eliminar todas las particiones, y despues crear una sola particion para windows.
Espero te sirva la informacion.