Hola
ok me imagino que tienes el SWF, cierto?
lo que quieres es quitarle el fondo al SWF, cierto?
Seleccionas tu Pelicula Flash y en el panel Propiedades hay un boton que dice Parameters ahi lo seleccionas y pones wmode como parametro y en mode pones transparent
como aqui
Solo funciona en explorer
Saludos