En PHP tienes las comunes librerías GD .. pero no soportan BMP .. pero si tienes poder para instalar extensiones/librerias en tu servidor puedes usar las ImageMagick que si soporta BMP (creo?)
http://www.imagemagick.org/
Y a "malas" siempre podrás lanzar la ejecución de algún programa conversor desde línea de comandos desde PHP con las funciones exec() . .system() .. De hecho la mayoría de aplicaciones conversoras de formatos permiten ejecutarse en "línea de comandos" para hacer procesos por lotes (batch) ..
Un saludo,