Yo pienso que así:
#include <iostream.h>
#include <string.h>
#include <ctype.h>
#include<conio.h>
#include<stdio.h>
void main()
{ char cad[100],op;
int cont, cont2, cont3, q;
printf("\n\tPrograma de manejo de cadena v.1.0\n\n");
printf("Escriba una cadena (40 caracteres max.)\n ");
gets(cad);
q=strlen(cad);
printf("%i",q);
cont3=0;
for(cont=0;cont<q;cont++)
{ if (cad[cont]==0) continue; /* si la letra ya se conto antes, que pase a la siguiente letra*/
cont3=1; /* Inicializa en acumulador de repeticiones en 1 x q ya esta 1 vez */
for(cont2=cont+1; cont2 < q; cont2++) /*empieza a comparar con la letra que sigue */
{ if(cad[cont]==cad[cont2]) {cont3=cont3+1; cad[cont2]=0;} /*"borra la letra que ya se repitio */
} /* hasta que termina de comparar esribe */
printf("\n\nLa letra %c está presente %i vez/veces",cad[cont],cont3);
}
}