mm .. creo que antes de hacer nada deberías aprender en que consiste PHP ... En el mensaje anterior intenté explicarlo .. si no lo entendistes o tienes preguntas que hacer al respecto hazlas.
Las páginas las vas a diseñar como lo harías habitualmente en HTML .. con uso de Javacript si lo requires / flash o lo que gustes . .ahí no interviene PHP para nada.
PHP lo usaras cuando tengas que hacer algún proceso de datos de un formulario .. o de acceder a una Base de datos y obtener algún grupo de datos .. o por ejemplo para darle una estructura modular al sitio .. pero "el menú" en si los links y demás que contiene los vas a diseñar en HTML como toda la vida ...
Tal vez te refieras a las técnicas de web-modulares cuando dices "una web en php" .. Pero en principio y así es como lo haras de todas fomas .. el menú lo haras en HTML y como mucho lo "incluiras" en las páginas que lo requieras para evitar el trabajo de incluir a mano ese código repetitivo en todas tus páginas .. así usaras a PHP como un "motor de plantillas" básico.
Lee este tutorial que te interesará:
http://www.zonaphp.com/articulo34.php
pero antes lee unos sobre PHP en general y básicos. sino no entenderas nada.
Un saludo,