El session_start() debe estar en todos los scripts que trabajen con las variables de sesión...
Pero debes seguir el flujo del script... porque si el script es incluido (vía include() o similar) en otro donde ya se hace el session_start()... pues ya no debe ir.
No sé si se entendió... sólo te digo que el session_start debe estar siempre y una sóla vez en cada ejecución, carga o recarga de scripts que trabajen con variables de sesión.
Saludos